NGSワークステーションの操作スキル

NGS（次世代シーケンス）ワークステーションを最適化する動作プロセスでは、サンプルの慎重な処理、厳密なライブラリ構造、シーケンスプロセスの正確な制御、および一連のデータ分析などの複数の次元にまたがる一連の微細運用技術をマスターすることが重要です。この記事では、いくつかの運用ヒントと重要な手順の提案を提供します。実験の効率と結果の精度を改善するために役立つことを願っています。

1。サンプル処理

1。サンプルの選択と準備：

1>サンプルの品質が良好であることを確認し、劣化したサンプルまたは汚染されたサンプルの使用を避けます。

2>実験的ニーズに応じて、適切なサンプルタイプ（血液、組織、細胞など）と収集方法を選択します。

3>サンプルを適切に保存および輸送して、収集および処理中に外因性の汚染が導入されないようにします。

2。核酸抽出と精製：

1>高品質の核酸抽出キットを使用し、メーカーが推奨する抽出ステップと条件に従ってください。

2>抽出プロセス中の動作時間と温度の制御に注意して、核酸の分解と損失を減らします。

3>抽出された核酸の純度と濃度をテストして、後続の実験の要件を満たしていることを確認します。

2。ライブラリ構造

1。断片化処理：

1>シーケンスプラットフォームの要件に従って、適切な断片化方法と条件を選択します。

2>断片化時間と強度を制御して、均一に分布したDNAフラグメントを取得します。

2。修理とコネクタの接続を終了します：

1>端が完全に修復されていることを確認し、不均一な端を避けます。

2>高品質のリンカーとリガーゼを使用して、リンカー接続効率を確保します。

3>リンカー接続中に、リンカーの自己接続または非固有の接続を避けるために、反応時間と温度を制御することに注意してください。

3。ライブラリの増幅と品質管理：

1>ライブラリの濃度とシーケンスの要件に従って、PCR増幅の量を調整します。

2>増幅プロセス中の増幅ラウンドと条件の数を制御して、過度の増幅を避けてライブラリーの複雑さが低下することに注意してください。

3>濃度、断片のサイズ、分布などの指標の検出を含む、増幅されたライブラリの品質制御検出。

3。シーケンスプロセス

1。シーケンスプラットフォームの選択：

1>シーケンスプラットフォームの実験的ニーズとパフォーマンス特性に従って、適切なシーケンスプラットフォームを選択します。

2。シーケンス反応設定：

1>シーケンスプラットフォームで推奨されるシーケンス反応条件と手順に従ってください。

2>ライブラリの濃度とシーケンスの深さ要件に従って、適切なシーケンススループットと読み取り長を設定します。

3。シーケンスの監視と品質管理：

1>シーケンスプロセス中のシーケンス品質のリアルタイムモニタリング。これには、信号強度、シーケンス精度、読み取り長分布などのインジケーターが含まれます。

2>シーケンサー障害、試薬汚染など、シーケンスプロセス中に発生する問題をタイムリーに発見および解決します。

4。データ分析

1。データ前処理：

1>低品質のシーケンスの削除、リンカーシーケンスの削除、リピートシーケンスなどを含む、元のシーケンスデータの品質制御と前処理。

2。シーケンスアライメントとアセンブリ：

1>配列アラインメントの適切な参照ゲノムを選択して、アライメント結果の精度と信頼性を確保します。

2>参照ゲノムがない場合、de novoアセンブリを使用してゲノム構造を実行することができます。

3。バリエーションの検出とコメント：

1>専門的なバリエーション検出ツールを使用して、SNP、Indel、CNVなどの変異を検出します。

2>検出されたバリアントに注釈を付けて分類して、潜在的な臨床的意義または生物学的機能を評価します。

4。結果の解釈とレポート：

1>実験目的と臨床的背景に基づいて結果を解釈および分析します。

2>実験方法、データの品質、変動検出結果、結論など、明確で正確な結果レポートを準備します。

5。その他の運用スキル

1。実験記録とアーカイブ管理：

1>実験プロセス、パラメーター設定、結果データなどの詳細情報を記録します。

2>実験データのトレーサビリティとセキュリティを確保するための完全なアーカイブ管理システムを確立します。

2。トレーニングと技術サポート：

1>実験者の体系的なトレーニングと評価を実施して、NGSワークステーションの運用スキルを確実に習得するようにします。

2> NGSワークステーションの安定した操作と効率的な使用を確保するために、必要な技術サポートとメンテナンスサービスを提供します。

NGSワークステーションを探索して適用する広大な分野では、これらの運用技術を習得することは、実験の成功の鍵であるだけでなく、科学的研究と技術革新を促進するための重要な基礎でもあります。テクノロジーの継続的な進歩とアプリケーションの深化により、新しい運用方法とベストプラクティスが引き続き出現します。したがって、これらの技術の継続的な学習、積極的なコミュニケーション、および柔軟なアプリケーションは、すべてのNGSワーカーにとって不可欠です。